זרעי פשתן נמצאים בשימוש ברפואה הטבעית ויש להם מגוון שימושיים בריאותיים: תרופה לריפוי פצעים, מזון מכייח ומרפה (טוב לאנשים הסובלים מבעיות עיכול או מבעיות במערכת הנשימה), מסייעים במלחמה במחלות שונות (סוכרת, מחלות עיניים, סרטן השד), מספקות חומצות שומן חיוניות וכן שימושיים רבים אחרים.

מומלץ לפני השימוש להיוועץ עם תזונאי (במיוחד במצב של מחלה). זרעי פשתן מכילים כמות קטנה של חומצה פרוסית שעלולה להיות רעילה בצריכה בכמויות גבוהות. חשוב להקפיד על שתייה מרובה ביחד עם השימוש בזרעים, וכן לטחון אתן בסמוך לזמן השימוש בכדי למנוע את החמצון של השמן אשר מופק מהם.

בנוסף לחומצות השומן אומגה 3 אשר מכילים זרעי הפשתן, יש בהם 2 מרכיבים נוספים – ליגנן וסיבים  אשר נחקרים הודות ליתרונותיהם הבריאותיים. ליגנן מתפקד כפיטואסטרוגן וגם כנוגד חמצון, ואילו הסיבים הם בחלקם מסיסים ובחלקם לא מסיסים. זרעי פשתן הם שילוב טוב של חומרי תזונה וחומרים נוספים.